副業で引かれている所得税がどう扱われているのか、気になりますよね。
結論から申し上げますと、PC（国税庁の「確定申告書等作成コーナー」など）で申請する際、「源泉徴収票の情報を正しく追加」していれば、副業分で引かれた税金はしっかり考慮されています。
もし今まで「収入額」しか入力していなかったのであれば、副業分の所得税を「二重払い」してしまっている（あるいは還付を受け損ねている）可能性があります。
正しい入力方法と仕組みをわかりやすく解説します。
1. どこに入力すればいいのか？
PCの画面（所得の種類が「給与」や「雑所得」の場合）で、副業の源泉徴収票の内容を入力する場所があります。
①「給与所得」として入力する場合（副業もバイト等で源泉徴収票がある場合）
→ 「給与所得」の入力画面で、「＋もう1件入力する」ボタンを押して、2枚目の源泉徴収票の内容を入力します。
②ここが重要！
→入力画面には「支払金額（収入）」だけでなく、必ず「源泉徴収税額」という入力欄があります。ここに、副業の源泉徴収票に記載されている税額を入力してください。
2. 入力するとどうなるのか？（還付の仕組み）
副業の源泉徴収税額を入力すると、最終的な計算画面で以下のような調整が行われます。
①全体の計算
→ 「本業の収入 ＋ 副業の収入」の合計に対して、本来払うべき正しい税額が計算されます。
②引き算
→その正しい税額から、「本業で払った税金」と「副業ですでに引かれた税金」の両方を差し引きます。
③精算
→もし「すでに引かれた税金の合計」が「本来の税額」より多ければ、差額があなたの口座に「還付金」として戻ってきます。
［注意］
「収入額」しか入力していない場合
→PCの画面で「収入」だけを入力し「源泉徴収税額」を「0」や空欄にしていると、システムは「この人は副業でまだ1円も税金を払っていない」と判断します。すると、すでに副業先で引かれているのに、確定申告でもう一度その分の税金を請求される（二重払いになる）ことになります。
3. ふるさと納税との関係
ふるさと納税を申請している場合、副業の収入と税額を正しく入力することで、「副業分も含めた合計年収」に基づいた正しい寄付上限額で計算が行われます。副業分で払いすぎた所得税と一緒に、ふるさと納税の控除分も合算されて還付されます。
■まとめ：次回からのチェックポイント
1. 源泉徴収票を2枚用意する
→本業分と副業分、両方を手元に置きます。
2. 「源泉徴収税額」欄を埋める
→収入金額だけでなく、税額（右側の小さな数字）も必ず入力してください。
3. 還付金を確認
→最後に「還付される金額は〇〇円です」と表示されたら、そこに副業分で引かれていた金額の一部（または全部）が含まれているはずです。
もし「去年までは収入しか入れていなかったかも…」と不安な場合は、過去5年分までなら「更正の請求（やり直し）」をして、払いすぎた税金を取り戻すこともできます。
