基本的には問題ないです。
スプレッドシートの条件者書式を一括削除するには
// 現在アクティブなシートを取得
const sheet = SpreadsheetApp.getActiveSheet();
// シートの条件者書式を一括削除
sheet.clearConditionalFormatRules();
というように、シートに対して非常にシンプルなAPIを呼び出すだけです。外部に情報が洩れるようなことはありませんよ。
ただし、ネットで見つけたgasの処理内容を理解せずにコピペで使用するのはNGです。
なお、情報のセキュリティに厳しい会社とのことですので、セキュリティの担当者に相談なさるといいのではないでしょうか。
参考：
\u0026quot;clearConditionalFormatRules | Class Sheet | Apps Script | google for Developers\u0026quot;
google.com/apps-script/reference/spreadsheet/sheet?hl=ja#clearconditionalformatrules">https://developers.google.com/apps-script/reference/spreadsheet/sheet?hl=ja#clearconditionalformatrules
