原石の穿孔で除外しようと思ったら除外出来ませんでした。前のターンにチェーンロンギヌスで除外を止められてますが、もしかして除外だけが止められて効果無効処理は行われているからってこと？

ロンギヌスの効果はそのターン限りなのでおそらく無関係です。

効果モンスター以外だったり、すでに効果を無効にされていませんか？
通常モンスターや通常モンスター扱いのアポピス罠カードなどは選択できません。

公式
https://www.db.yugioh-card.com/yugiohdb/faq_search.action?ope=4\u0026amp;cid=20536
■すでに効果が無効化されているカードやモンスタートークン、効果を持たないモンスターを対象に選択することはできません。