人と人がつながり合う究極のコミュニケーション方法は性的な交わり。
人類補完計画ってのはすべての魂を1つにまとめて
人間から神に等しい生命体に神化しようというものなので
神化の最終決定権は碇シンジが持っているため
魂の合一は性的交わり以上の快楽があると悪魔の誘惑がある一方で
シンジはアスカが好きだけど合一を拒絶される恐怖も抱いてるってのが
その流れなわけで。
補完が成った世界は自分も他人もいない世界であることに
シンジは気がついて合一を拒否、
ところが他の人間は神化しなくても
魂だけの状態でリリスの胎内に留まれば
肉体の崩壊という恐怖、つまり死、老化、病魔といった
苦痛のない世界であることに気がついて
黒き月という方舟内に閉じこもってしまい
シンジとアスカが生命のいない世界に置き去りにされ
人類という種は絶滅するってのが旧劇のラストが意味するところとなります。
シンエヴァでは旧劇の世界を再構築し
エヴァはなかったことにすることで
神化を拒絶しつつ滅亡も回避したわけで。