新幹線で東京駅で新幹線から在来線への乗り換えは 新幹線(南、北)乗り換え改札ですよね？逆に帰りに在来線を使わないで新幹線に乗る場合はどこから入ればいいのでしょうか？

先に強調すると、在来線に乗る必要はありません。

概略図ですが、東京駅はこのような構造になっています。
青い丸が改札の場所だと思ってください。

在来線に乗らずに、在来線エリアを通行して新幹線に乗ることができます（黄色い線）。通り抜け料金は無料です。
なお、黄色い線はあくまで一例なので、これ以外の通り抜け方をしても構いません。

東海道新幹線なら、在来線エリアを通らずに直接入ることもできます（紫色の線）。
※東北新幹線も直接入る裏口があるにはあるのですが、初心者向きではありません。