私立と国立で比べられないかもですが芝浦工業大学と琉球大学工学部ならどちらの方が難しいですか？

これは普通に琉球大学です。琉球大合格者は芝浦工業大レベルの3教科は対応できて合格するでしょうが、逆はほぼ無理でしょうね。