もう少し状態を正確に投稿されないと伝わり難いと思います。
制御は自動のままで、当該のポンプ回路のブレーカーのオンオフで起動する?その回路には制御系の電源ラインは関係していない?
点検のヒント、雑排ならばフロートは、フリーボール?満水側フロートにハンガーか何かで引っ掛けて満水状態にして制御系から当該マグネットに動作電源が送られてる事を、それがなければ、制御系を、、あれば当該マグネットの固着など そんなに難しい制御でもないので全体の構成と症状の条件から、割と直ぐの回答が出て来ようかとは思います。用途からすると特段緊急でも無いだろうし、この程度の原因は勉強の種だと、ラダー?回路?書いて研究のネタには丁度かと。