運転免許証自体には違反の記録は書かれず、また内蔵ICチップにも違反記録が残る訳ではありません。そして、警察庁が管理運営する免許データベースを照会すれば違反記録はわかりますが、ただの民間企業にはそのような権限はありません。よって、免許証を提出確認させるだけでは、従業員の違反記録は判りません。
ただし、従業員の私的な交通違反の有無を気にする職場なら、年に一度程度の頻度で、自動車安全運転センターの「運転記録証明書」の取得提出を従業員に義務付けるか、その代理申請に合意する念書を取っているのが普通でしょう。よって、免許証を毎月点検する時点ではバレずとも、運転記録証明書を確認した時点でバレることになります。もし「違反はしていない」と言う虚偽申告をしていたならその時にバレ、処分の対象になるでしょう。