かつての共立薬科大学時代を前提に比較するのであれば、当時は共立薬科よりも東京理科大学の方が製薬企業への就職において有利という印象はありました。
ただし、現在は慶應義塾大学薬学部となってから多数の卒業生が出ており、総合的に見ると、現時点では慶應義塾大学薬学部の方が有力だと感じます。
もちろん、製薬業界は学閥を重視する文化ではなく、最終的には選考における個人のパフォーマンスが合否を左右します。ただ、採用プロセスの初期段階に行われる学力選考では、入学時点の学力水準がそのまま反映される傾向があり、受験時の大学間序列に近い形で足切りラインが設定されているのが実情です。文系は難関大でも授業に出ないで卒業できる場合もあるので就活時には大学偏差値は当てにならないのですが、理系は受験時そのままの序列傾向があります。就活は私大2つで比較するより、国立大のライバルの中でどう生き残るかというイメージに近いです。
また、実際の受験日程としては、東京理科大学の試験を終えてから慶應義塾大学を受験する流れになります。両大学の問題難易度の違いは受験時に体感できると思いますし、両方に合格した場合は慶應義塾大学を選びたくなる方も多いのではないでしょうか。
一方で、学費面では東京理科大学の方が抑えられます。仮に入社後に東京理科大学出身の同期がいれば、「費用対効果」という観点では東京理科大学も十分に合理的な選択だったと感じる場面はあると思います。慶應義塾大学は日吉・芝とキャンパスも変わり、学生生活としての多様性や楽しさはあるかも知れません。