大学の研究で深夜まであると寝泊まりすることがあるらしいのですが、その場合異性トラブルってあったりしますか？

無いと思います。

課題や研究で泊まりがけになる場合、『寝たら終わらない！』というくらい切羽詰まった状況のことが多いです。力尽きて寝落ちする人はいますが…徹夜で黙々と作業していますし、同じ課題をやっている人達の殆どが残っていたりするので昼間と変わらない感じです。