歯医者に麻酔まで下の歯を削ってもらって埋めて貰ったのですが何か噛むと違和感があります。本当に虫歯だったんでしょうかその削ったところは？埋めるまえにみるとかなり深く削られていました。

かなり深いむし歯だったのだと思います。歯科医師側としても、削ってみたら思ったよりも深いむし歯っていうことは結構あります。治療したてはどうしても違和感が残りますので、痛みがないのであれば様子をみていて大丈夫かと思います。