公式にも、図解での細い説明はありませんね。
https://proton.me/ja/blog/zero-access-encryption
公開鍵暗号方式を用いていることは明言されてますが、ユーザの秘密鍵の保管場所(鍵ストア)などへの言及がないです。
端末を選ばずに利用できるから(デバイス認証みたいのってないっぽいですよね)、また、秘密鍵を端末側に保管をしてっぽいでもなさそうなので、ユーザーアカウントにひも付きつつの、システム側の認証サーバーのバックグランドのどこかで保管されているのかな?! という様には感じられます。