iCloud写真とgoogleフォトの関係性を図化してみました。
現状、googleフォトアプリは写真のアクセスを許可していないとの事なので、googleフォトアプリは機能していないかと思います。
WEBからgoogleフォトで消した写真がiCloud写真でも消されるという状況は、googleフォトアプリの写真のアクセスを許可し、さらにバックアップをONにしないと起こりません。
バックアップONの状態でWEBからgoogleフォトの写真を削除→端末から削除→写真アプリの同期でiCloudから削除
という流れです。
googleフォトアプリのバックアップONの状態でWEBのgoogleフォトのファイルに変化がなければ変更しません。
写真アプリの同期は、ONにした時点で端末に無い写真をiCloudからダウンロードし、iCloudに無い写真を端末からアップロードします。