androidのYouTube アプリで、いつの間にか保存先にwatch laterというフォルダができていました。それより前に、 後で という名前のフォルダがあります。後からシステム変更で勝手にwatch laterというフォルダが作られたのでしょうか？

全てのアカウントに元からあるのが「後で見る」ですが、これは英語環境では「Watch later」と表示されます。日本語環境でも一時的に「Watch later」と表示されることがあります。

機能的には「後で見る」ですから、そのつもりで使えばいいです。

後で見たいものを保存しておく場所です。