特定口座には、源泉徴収ありと源泉徴収なしの設定が選択できます。
源泉徴収ありの場合には、一つの金融商品の売却ごとに売却益に対して約20%の税金が源泉徴収されてから現金化されます。売却時に損失だった場合には課税されません。
源泉徴収ありの場合には確定申告義務はありませんが、年間の取引について損益通算（利益部分と損失部分を相殺）する場合には、確定申告することも可能です。
源泉徴収なしの場合には、売却して利益があってもすぐには課税されません。
年間を通して利益が発生した場合には、証券口座のある金融機関が作成する年間取引報告書に基づいて確定申告します。
さらに特定口座ではなく、一般口座でも取引については、金融機関での年間取引報告書が作成されませんので、自分で購入価格・売却価格の記録を付けて年間を通して利益があれば確定申告することになります。
またどの証券口座でも年間を通して損失がある場合には、確定申告しておくことによって、その損失分を将来の利益と相殺可能な繰越控除を適用することが可能です。
