結局人類補完計画ってユイ復活計画だったんですか？

違います
本来ゼーレが思い描いた人類補完計画はリリスの肉体と魂に全人類が融合することで完璧な生命体になること

その計画に便乗したゲンドウはリリスではなく、ユイの魂が溶け込んでいるエヴァ初号機を対象にすることでユイとの再会をするのが目的で、ユイを人間として元に戻すような計画ではないです