物理的なカードは磁気不良により使用できないことが多く、普段からApple Payを使用しています。
本来カードの方が制限されることは少ないです。本日はスーパーで正月の買物があったので、1万円を超えてしまいましたが、スマホのVISAタッチは出来なかったのですが、カードではVISAタッチが可能でした。
その他タッチ決済を取り扱っていない店でも、クレジットカードのICチップ決済なら出来る店があります。
Applepayに登録しても、電話で承認をされなければ、Applepayは使えません。三井住友カード、Amazonマスターカード、イオンカード、エポスカードなどはApplepayに登録出来ましたが、MI+カードはカード会社が承認しなかったので、Applepayに登録出来ませんでした。
あなたの場合は楽天カードが承認しないから、Applepayに登録出来ないのでしょう。