コマンドプロンプトを使う経路、eclipse を使う経路どちらも正解です。
eclipse も内部的にはコマンドプロンプトを使っています。
コマンドプロンプトを使うのが基本型ではありますが、開発効率が悪く、実務では事実上使用されません。
コマンドプロンプトを使う場合、
JRE：Java のプログラムの実行に必要。
JDK：Java のプログラムの開発に必要。
の双方をインストールすればよく、これ以外の作業はオプションです。
メモ帳でプログラムを作成することもでき、それを、Javac に渡してあげればコンパイルできるので、コンパイル結果を Java に渡せばいいです。
eclipse はこの手間が面倒なので、画面から自動で実行できるようにしているのと、その他、開発に便利なツールを色々と搭載しています。
eclipse 単体ではできることが少なく、Java のプログラムを開発するには、JRE と JDK をやはりインストールする必要がありますし、Java のプラグインで eclipse の機能を拡張してやる必要もあります。
こういう手間を省くのが、Pleiades All in One です。こちらをインストールすれば、そうした個々のツールをセットアップする手間がありません。
ご使用の参考書が、どちらを使用しているかを見て、それに合わせた方が混乱が少ないと思います。
