今回のアクセスが偽サイトや偽アプリだということではなく、
前回以前のアクセスが、実は偽サイトにアクセスしてパスワードを入力してしまっていたとか、
同じパスワードを使っている別のサイトから情報漏洩があったとか、
そういう警告です。
この警告は、えきねっと(JR東日本)ではなく、Appleが出しています。
一時期、えきねっと利用者は、頻繁にフィッシングの標的にされていました(今もあるとは思いますが)。
過去に被害に遭っていたのかもしれません。
今回のアクセス自体は大丈夫です。
パスワードを変えて、過去に漏洩したパスワードではログインできないようにしてください。
参考:
https://anshin-security.docomo.ne.jp/security_news/privacy/column006.html
https://support.Apple.com/ja-jp/guide/iphone/iphd5d8daf4f/iOS