来年の三月頃に石垣島もしくは奄美大島への旅行を計画しているのですが。台湾有事の件もあり、心配なのですが別の場所を検討するべきでしょうか？

来年の3月であれば全然気にすることはないです！
ウクライナの時は前年の11月、12月には兆候が出ていましたが、今現在中国が侵攻を開始するする兆候はありませんし、始まるにしても再来年の5月頃ではないでしょうか