三菱重工に就職して戦闘機を作りたいんですけど、やはり東大や京大などの最難関大学でないと入れませんか？

京大工学部の大学院には航空宇宙工学専攻があります。

なお、東大・京大以外でも技術職として入社できる可能性はあるでしょう。ご質問者は生産現場の仕事（技能職）は希望されていないと推測しました。