マイナンバーで学生かどうかは分かりません。正社員となれば、あなたの会社に扶養を外れると総務に連絡する事になります。
息子さんの会社でなく、親の会社に言う必要があります。
通常、学生との両立は不可能となり、学校の単位が取れなくなり授業料を捨てるか、休学又は退学する事になりますよね!
もう4年でほぼ単位が取り終えて入れば、両立可能かもしれませんが・・・。
マイナンバーで生年月日など分かります。履歴書にどう記載したか不明ですが、虚偽の記載が分かれば学歴詐称として解雇もあり得ます。
会社に損害が生じれば、賠償もあるでしょう。
世の中、人手が足りなくて困っている状況なので、仕事はあると思いますが、息子さん自身のためにも正直に状況を伝えるしかありません。
4年生であれば、会社も考慮してくれるところもあるでしょう。