確認してみましたが、確かにアプリ版の「時刻表」画面からだと、駅の時刻表には表示されるのに、詳細な停車駅と時刻の情報は表示されないですね… 犬吠1号・3号と外房号だけでなく、総武本線・成田線の終夜臨時列車4本、青梅線の快速武蔵御嶽神社初日の出号の下り2本と上りの1本目も表示されないようです。
「ルート検索」画面やWeb版のyahoo時刻表では正常に表示されていますので、おそらく不具合かと思われます。
以下は勝手な考察なので、読み飛ばしていただいても構いません。
他の路線や列車も確認してみましたところ、山手線などの終夜運転は「12/31の深夜」扱いで掲載されており、時刻表画面からでも正常に確認できます。一方で上記の列車は全て 「1/1の早朝」扱いで掲載されています。さらにこれらの中でも犬吠3号の成田駅(4:00発)と外房号の安房鴨川駅(5:22発)、快速武蔵御嶽神社初日の出号下り2本目の西立川駅(4:01発)以降各駅は正常に表示されています。
したがって、「1/1の早朝扱い、なおかつ発車時刻が4時より前」の場合に不具合が起こるようです。
来年再発しないように、乗換案内アプリから不具合報告を送っておきました。