日本の戦国期の戦においては、有毒のガスや煙などの噴霧など、化学兵器の使用は行わないということになっていたのでしょうか？

そんな取り決めはなかったし、生物化学兵器の概念もなかったと思います。

まあ、煙で燻すとか、糞尿をぶちまけるくらいはよくあったようですが、その程度がせいぜいでしょう。そもそも、こうした攻撃が、火をつけたり、弾丸を飛ばしたり、矢を放つよりも効果的だったと思いますか？煙にせよ風向き次第では逆効果だし、敵を取り囲むように膨大な草木を積み上げでもしないと威力はない。

糞尿に至っては量に限りがある。あくまで小部隊を撃退するくらいしか役には立たなかったはずです。