ラスタデータを「RGB値を行列状に格納」とは、画像を「縦横に並んだマス目ごとに、色を表す数字（R・G・B）を記録した表として持っている」という意味で、あなたの解釈でほぼ合っています。
補足をすると
・ラスタ画像は、画面を「ピクセル」と呼ばれる小さなマス目の集まりとして扱います。
・各ピクセルが「赤（R）」「緑（G）」「青（B）」の強さを表す数字を持っていて、それがぎっしり並んだものが「行列（マトリックス）」です。
・実際には、縦×横の二次元のマス目があり、その一つ一つにRGBの値がセットでくっついているイメージです。
一方、「マトリックス」という言葉の由来についてですが、ここで言うマトリックスは数学の「行列」のことを指していて、ミトコンドリアのマトリックスと同じ語源（ラテン語の matrix）ではありますが、「ミトコンドリアが由来」というより「数学用語としての行列」が元になって情報分野で使われていると考えてよいです。
