秀吉には当時すでに正式な跡取り秀勝がいます。
秀吉の養子である信長四男秀勝は実父信長と養父秀吉を繋ぐ大事な存在でした。
このため主筋の秀勝を差し置いて実弟とはいえ家臣の秀長が兄の後継者になるのは難しかったと思いますし秀長の立場からすれば「後を任せる」というのは柴田を滅ぼした後程度なら「秀勝や織田家のことを頼まれた」と認識するでしょう。
ただこの頃には秀勝も病で倒れたため義叔父の秀長が一時的に地位の代行ならあり得る。
その後秀勝は亡くなりますから秀長が正式な羽柴家当主となり元々丹羽長秀と親しいため宿老として柴田亡き後なら丹羽と羽柴で三法師や信雄を支えながら上手くやっていけそう。
ただ天下統一は秀長自身にその意思はないでしょう。