理由はいくつかあります。
例えば、「海外にばかり投資して国内には金を落とさなかったから」というのが挙がるでしょう。対外純資産、外貨準備高、経常収支(特に第一次所得収支)を見ればわかりますが、日本はめちゃくちゃ儲けてます。ただし「海外で」です。日本は立派な資本輸出国ですが、普通は余剰資本を輸出するものです。日本はバブル崩壊してからここまで資本を輸出できるほどの余裕はなくなりましたが、市場の低迷を見て企業は海外を選びました。
投資は基本的にドルで行います。円からドルに替えるので、この時点で円安圧力となります。更に、海外で儲けた利益を円に替えずに再投資すれば、やはり円安は改善されません。
あとは、シンプルに金利差ですね。日本は30年近くも低金利なので、その間にアメリカが数回利上げしただけで一気に円安が進行します。アベノミクスが終わってから一度利上げすべきでしたが、放置してたら今みたいになったわけです。