同じ理屈でいえば、抵当権抹消登記の申請を銀行(登記義務者)から委任を受けて、抵当権設定者(登記義務者)が申請することも司法書士違反ということになってしまいますね。
ごく一般的に行われており、各登記所に相談窓口でも普通に相談に乗ってもらって申請している方が多いですが。
何か勘違いされているのかと思います。
登記を他人から委任を受けて「反復して(何度も)」代理申請することは司法書士違反となります。
また、一回の登記申請代理であっても、それに対して何らかの形で報酬を思うのであれば、それも司法書士違反となります。
それらとは異なり、自分が当事者の一方であり、その登記を相手方からも委任を受けて一回登記するだけであるならば、問題とはなりません。
そうでなければ前述の抵当権抹消登記申請はすべて違反となってしまいます。
なお、今回は「所有権」という重要な権利の移転登記ということですので、何らかの見落とし、勘違い、などがあって登記が止まってしまうと困ります。
追加で売主側になにかしてもらわなければならないことが生じる、ということもあり得ます。
そういう問題点がないことを保証してもらえるという意味で司法書士に報酬を支払って登記してもらうことは有用かとは思いますので、登記の安全を保証するための保険とお考えいただければと思います。