>ワンストップ制度を利用する方が得なのか
>それとも確定申告をする方が得なのか教えてほしいです。
選択の余地は無いです。
確定申告
=「所得税の確定申告」
=「所得税の確定申告書」の提出
は、「確定申告書の提出以前の事象
(=年末調整やワンストップ特例のふるさと納税等)」を全否定して
「私のxx年の所得税の計算はこの申告書の内容です」
という意思表示です。
確定申告書に記入しなかったことは、無かったことになります。
確定申告書にワンストップ特例のふるさと納税を記入しない。
=「ふるさと納税していません」という意思表示です。
申告者(=あなた)が「ふるさと納税していません」と
報告しているのですから次年度の住民税の計算でふるさと納税はなかったこととして処理されます。
>住宅ローン控除も年末調整で受けています。
源泉徴収票の「源泉徴収税額が0」になっていれば、
確定申告書にワンストップ特例のふるさと納税を記入しないと
その後の回復はできなくなります。
役場からふるさと納税が確定申告で漏れているので
税務署で「更正の請求」をしてください。
という通知が届きます。
が、所得税額が0なので税務署は「更正の請求」を受け付けません。
更正しても所得税額は0なので更正は必要なし。
という回答が来ます。