あらゆる場所が菌まみれなので、仕方がありません。
スマホは便器より菌まみれとされていますが、スマホで感染症にならないですよね?
そもそも床に接しているあなたの靴底だって相当汚いので、靴全体、靴下、スネぐらいまでもけっこう汚いし、あなたの家の玄関も結構な菌がいるはずです。
お尻を拭くとき、手に大腸菌が付着するのを防ぐには、トイレットペーパーを27枚以上重ねないといけないと聞いたことがあります。でも、大抵の人はそんなに重ねてないですよね?つまり、地球上のあらゆる場所が菌まみれなのです。
どうしても気になるなら、次回以降はショルダーバッグが不要になるぐらい荷物を少なくするか、ビニール袋を持っていってショルダーバッグを入れて、目的地に着いたら袋を捨てることですね。