どちらでもいいですが、塾のほうでも単語の試験があるならシス単を優先しましょう。
そうでないなら、Stock3000の流れでできるStock4500を先にやっていいと思います。
また医学部志望なら、両方やるべきです。時間がないなら作ってください。
Stock3000と4500は、他の単語帳にない単語が載っていますが、そのぶん他の単語帳に載っている単語が載っていません。なので、Stock3000と4500が取りこぼした単語をシス単で拾うべきです。
英単語は、冬休みなどの長期休みに集中して覚えるといいです。
1時間で100個覚えるとして、1日3回（朝昼夕）で300語、これらをその日の夜と次の日の朝に復習。
この作業を1週間続ければ2100語（＝1冊分）覚えられます。
その後は1冊全体を毎日復習すれば、暗記が定着します。
派生語や関連語は、毎日の復習の中で覚えること。
長期休み以外では、土日に300語ずつ覚えて（計600語）、それらを平日（月〜金）に毎日復習。
これを4週間続ければ2400語（1冊分）覚えられます。
その後は1冊全体を毎日復習すれば、暗記が定着します。
派生語や関連語は、平日の復習の中で覚えること。
なお1時間で100語は、受験業界ではふつうのペース。
参考：【誰でもできる】武田塾式英単語をたった1時間で100個覚える方法
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