アプリで待ち時間見たら、ディズニーはそこそこ混んでるのにUSJはそんなにって感じでした。大晦日のUSJは穴場なんでしょうか？

何時頃にアプリを見られたのかわかりませんが、USJの通常営業は17時までとなっています。
同じチケット代金であれば営業時間が短い日に行くのを避ける人が多いので、今日は空いていると思います。

（ディズニーランドやシーは普段と同じ21時まで営業しています）