停止処分の開始前に再交付申請をして新免許証ができれば可能ですが、実際には再交付申請には2~3時間はかかるので、その日の停止処分と講習受講には間に合いません。よって、指定の出頭日以前に再交付申請を済ませるか、停止処分者講習の受講による期間短縮が得られないことを承知で指定の出頭日当日に再交付申請をするか、ですね。後者の場合、再交付申請は受け付けられますが、新しい免許証は交付してもらえず自動的に停止処分が開始されます。
免許証を紛失したまま停止処分を受け、停止処分が明けてから再交付申請をする、と言うことも可能だと思いますので、出頭先の試験場などに事前に電話をするなどして確認しておくのがいいでしょう。一般的には「免許証を預けてからが停止処分の開始」となっていて、預ける免許証がないまま処分を開始するのはイレギュラーケースです。運用詳細が都道府県により異なる可能性があります。