通勤時間に高崎線に乗ることがあるのですが、ボックス席は利用実態から生かされず、同じ単位面積で乗員を納めるなら向かい合いを廃止したり長椅子の方が顧客本位だと思いますが、長い間変更されないのはなぜですか？

利用実態から、現状では最適解とされているからです。
E231の基本編成は当初1,2号車のみがクロスだったのが主に東海道線で評判が悪く(現在の小山車)、増備時に9,10号車にクロスが復活(現在の国府津車)、その後のE233は当初から9,10号車がクロスで製造されたのも実態に合わせたから。