司馬遼太郎は戦時中の日本軍を批判する一方でそのアンチテーゼとして大村益次郎を描きましたが、彼の政治性の欠如や部下の将兵を駒として扱う姿勢は戦時中の日本軍の指導層にも繋がるのでは無いでしょうか！？

逆です。

戦時体験から、軍人は軍事のみに集中すべしというのが司馬遼太郎の思想。



昭和→軍人が政治も軍事を行う

小説の大村→軍人は軍事のみに集中



あと、部下の将兵を駒として扱えないのは、

近代軍人として失格。適正なし。

(近代官僚や統治者、本来の意味でのエリート人材としてもアウト)



質問者のイメージは、

近代の軍人ではなく、古代や中世や漫画の武将なんじゃないかな。

こちらは、人情や情治や個人プレイの世界。