当たり前のことかとは思うのですが、私立の共通テスト利用などを使用する際化学は捨てて物理のみに科目を絞っていた場合、物理が難化して平均点が下がってしまったら化学選択者に比べて物理選択者は不利になってしまいますか？

著しく平均点が乖離した場合には、大学入試センターの得点調整が入ります。

同一教科内の選択科目間で20点以上の平均点差が生じ、それが問題の難易差に起因すると認められた場合に、点数差が是正されます。

過去にも実施されたことがあります。

これに該当しない場合、合計点で比べますので、不利になる可能性はあります。