サイトでバンドルカードを登録して購入した場合、届く購入通知はバンドルカードだけでしょうか？それともAppleIDに登録したメールアドレスからも通知が来るのでしょうか？

Appleのバンドルカードを使用して購入した場合、購入通知は主にApple IDに登録したメールアドレスから送信されます。バンドルカードそのものには購入通知が含まれておりません。ただし、購入直後にバンドルカードに記載されたメッセージが表示されることがありますので、購入完了の確認はそちらでも可能です。
追加情報として、購入履歴はApple IDの「購入とダウンロード」セクションでも確認できます。