>そもそも相続手続き後の作成で良いのか
はい、問題ありません。
遺産分割協議は相続開始後「いつでも」行うことができますからね。
>分割するにあたり、贈与にならないよう代償分割の遺産分割協議書を作成しようと思う
後日税務署に聞かれても問題ないように、遺産分割協議書に代償分割であることを明記しておくことですね。
例えば、「前条の財産を取得する代償として、他の相続人(氏名)に対し、金〇〇万円を支払う」というように表記します。
まあ、税務署を心配するほどの相続額であれば、専門家に相談したほうがよいと思います。