製造番号がAAから始まってZZで終わる千円札はレアですか？北里柴三郎のです

珍しいかもしれませんがレアではないです。

アルファベットでは「AA-AA」いわゆるAA券であれば印刷初期の紙幣ですからレアと言えるでしょう。