お疲れ様です。ミスター高圧ガスと申します。
ひと言で言えば「それぞれの規則で示すものの対象が異なる」ということです。以下、順に説明します。
高圧ガス容器にかかる「表示」に関しては、高圧法第48条に高圧ガスを容器に充塡するための要件の一つとして規定され、同法第48条第1項第2号に「第46条第1項の表示をしてあること」と定められています。
この法第46条第1項の表示については、具体的には容器則第10条に
（Ａ）容器の所定の塗色（ＬＰガスは「ねずみ色」）（容器則第10号第1項第1号）
（Ｂ）充塡することができる高圧ガスの名称（容器則第10条第1項第2号イ）
（Ｃ）充塡することができる高圧ガスの性質を表す文字（可燃性ガス⇒燃、毒性ガス⇒毒）（登記則第10条第1項第2号ロ）
（Ｄ）容器の所有者又は管理者の「氏名または名称」「住所」「電話番号」（※ これらは「氏名等」とされている）（容器則第10条第1項第3号）
と、この4つの内容が規定されており、高圧ガスを充塡する際に必要最小限の条件とされています。
基本通達・容器則「第10条関係」をよく読んでみましょう。
（１）まずはじめに「高圧ガス」の名称の文字の色は「赤色」、またこの文字の大きさが内容積が20リットル以上150リットル以下の容器にあっては5センチメートル平方以上とされています。これは、あくまでも上記（Ｂ）の内容に対する規定です。
（２）同様に「氏名等」については、その文字は
①容器の外面の色に対して鮮明な色（黒色と赤色は不可）
②字体は角ゴシック、丸ゴシックまたはレイ書体が標準
③文字一つの大きさは、な容積が20リットル以上150リットル以下の容器にあっては3センチメートル平方以上が標準
とされており、こちらは上記（Ｄ）の表示を行う際の規定です。
最後に液石則第41条ですが、これは販売業者等に対して技術上の基準が定めてあるものです。
ご質問の基本通達・液石則第41条関係（２）ですが、これは液石則第41条第3号の充塡容器等の引き渡しの条件として「所定の期間を6月以上経過していないもの」かつ「その旨を明記したもの」とされています。つまりここでいう「その旨」というのは「期間を6月以上経過していないもの」であることを指しています。
これについて「期間を6月以上経過していないもの」は、明示すべき事項として、その基本通達に
（Ⅰ）明示すべき事項「充てん期限○－□」（○は年、□は月を示す）
（Ⅱ）上記（Ⅰ）の文字（数字を含む。）の色は赤
（Ⅲ）上記（Ⅰ）の文字の一つの大きさは縦横3cm以上を標準
などが規定されています。
以上から、その文字の大きさとしては、容器則、液石則にそれぞれ対象が定めてあり、それぞれに従って表示をするものです。
どちらが正しいとかいうものではありません。
