3DSにCFW(カスタムファームウェア)を導入した状態でキャプチャーボードを取り付ける場合、制限がある可能性はありますが、必ず弾かれるわけではありません。ただし、多くの業者は未認証のソフトウェアやカスタムファームウェアの導入を禁止しているため、CFWがインストールされていると受け入れられなくなる場合もあります。
オプティマイズというサイトでも、カスタムファームウェアがインストールされているかどうかが問題になる可能性があります。公式のサイトや業者に連絡して、そのポリシーを確認することをお勧めします。また、CFWをアンインストールしてから取り付けることも一つの選択肢です。
なお、CFWを導入しても違法なソフトウェアをインストールしない限り、通常のゲームや機能を使用するには問題ありませんが、取り付け業者のポリシーに従うことが大切です。