パケットの階層がそのように分かれてるだけです。
IPヘッダとIPボディがあり
IPボディ自体はTCPヘッダとTCPボディであり
TCPボディにはアプリケーション層が必要とするデータ(これも階層化されているかも)があります。
マトリョーシカを想像してください
IPの中のTCPの中のアプリケーション用データです。
ただ、ドメインによる通信は行われません。
ドメインは必ずDNSによってIPアドレスへと解決されます。
通信自体は常にIPによって行われます。
ドメインからIPアドレスを得る名前解決は
アプリケーション層の話
