相談者さんの所属部署・異動履歴・個人の持つ能力力量/ノウハウ/経験・保持する社内の重要情報・技術などを評価した結果、誓約書の当該条項を外しても会社には実害はないと判断したのでしょう。逆に、担当顧客から信頼を得ている、競合他社で使えるノウハウが大きい、重要社内情報に触れて内実をよく知っているなどの基幹社員・ハイスペック社員であれば、そのような削除は受け入れられず、退職金条件まで含めていろいろ交渉するでしょう。会社側は、この件で相談者さんと時間をかけてやりとりするまでの必要性はないとみていると考えます。どこへでも好きなところへ行ってもらって結構です、というわけです。
そもそもこの誓約書自体が、企業法務で一般的に使用されるひな形から作られていて、この文書であれば、相手がだれであっても転職にともなうビジネスリスクを排除できるように重く構成されているので、相手によって柔軟に扱ってよいとされているのでしょう。