バイトの休憩について質問失礼します私はコンビニバイトをしているのですが、普段ワンオペで夜勤を6時間しております。6時間勤務までは休憩が無いため、タイムカードで休憩を通さず、お客様が来ない間はお客様の見えない所で座っています。お客様が来られたらレジに戻ります。この場合、本来休憩が無くても、お客様が来られていない間に休む際もタイムカードで休憩を通さないと行けないでしょうか？

雇用主に問い合わせてください。
雇用主の許可なく、お客様がいないという理由で仕事をサボることは、一般的に過失とみなされ、懲戒処分の対象となります。
懲戒処分はなりえますが、休憩時間として勝手につける行為は勤怠の改ざんとみなされます。
使用者が労働者に対して出来る処分は段取りを踏む必要があります。
譴責、始末書、減給、油脂解雇

ただし、休憩時間を登録する場合は、
完全に仕事から離れていることが求められるため、休憩中に仕事をしていなくても懲戒処分の対象にはなりません。

フランチャイズ契約では24時間営業が義務付けられていますが、レジにレジ係を配置することについては何も規定されていません。
理由は独占禁止法の濫用となります。

さらに、お客様が従業員にサービスを強制することは、営業妨害または強要とみなされます。
店舗が無人の場合、サービスを受けれないだけです。