成田山新勝寺（真言宗）のお守りを、近場の観音様が祀られている寺院（真言宗系単立）に返納しても、大丈夫ですか？近場の寺院に電話で確認した方がいいでしょうか？

ぜんぜん大丈夫です。

成田山には年に数回行きますが、成田山で買ったお守りを近所の神社のどんど焼きに入れたり、近所の神社のお守りを成田山の回収場所に入れたりしてますが、健康で普通に生活してます。