お察しの通り、
You are looking good
と
You are always look good
では、ニュアンスがかなり異なります。
後者の表現は文法的に不自然であり、通常使われることはありません。
You are looking good
これは現在進行形を使った表現です。
一時的な状態や、その瞬間の様子に焦点を当てています。
「(今日のあなたは)素敵に見えますよ」「調子良さそうですね」という意味合いになり、特定の日の服装や髪型、元気そうな様子などを褒めるのに適しています。職場でよく使われるのはこのためです。
You are always look good
この表現は文法的に正しくありません。are (be動詞) と look (一般動詞の原形) が混在しているためです。