飲食業の方ですか？(by食品衛生法)
普通の会社の入社前健診(by労働安全衛生法)には法律上、検便はありません。
どこでやっても基本外注検査になるので、受付可能か電話で確認すれば良いと思います。
その際、大腸がん用の便潜血検査と間違われないように、「食品用の腸内細菌、ウィルス検査」と伝える必要があります。
なお保健所に問い合わせるのも一手です。教えてくれるかもしれません。
@多摩立川保健所
https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/shisetsu/jigyosyo/hokenjyo/tthc
