調停調書があって、支払いの金額を変更するには別途協議が必要と書いてあったら、協議書が無ければ勝手に変更はされないですよね？

支払いの金額を変更するには別途協議が必要と記載されていなくても勝手に金額を変更は認められません。

勝手に減らされたら強制執行の対象です。