医師国家試験において、既卒生(卒業生)が新卒生とは別に、特定の部屋や会場に集められるといった明確な決まりはありません。
受験会場および試験室の割り当ては、基本的に受験番号順に行われます。
受験番号の仕組み: 受験番号は、受験地ごと、出願の受付順や事務的な処理の都合などに基づいて、通し番号で割り振られます。その過程で、新卒生(大学経由で一括出願することが多い)の番号の後に既卒生の番号が続く、といった状況が生じることはあります。
会場の割り当て: 受験番号の範囲に基づいて試験室が指定されます(例:受験番号00001~00206はA会場B教室)。したがって、既卒生の受験番号群がたまたま特定の部屋や会場の範囲に収まる可能性はありますが、これは「既卒生だから別部屋」という意図的なものではなく、番号順に機械的に割り当てた結果に過ぎません。
結論として、受験生は自身の受験番号に基づいて指定された試験会場・試験室で受験することになります。新卒・既卒で差別的な扱いをすることはありませんので、心配は無用です。