あそこのシーン一帯は、エヴァはただのアニメ劇でリアルじゃねーぞ、のめり込むなよって庵野からの警告というか嘲笑だから。
わざわざ特撮セットに教室や部屋のセットに舞台裏まで描いてくれて、実際のプリヴィズ用の撮影セットまで見せてくれてる。
貴方の言い分で言うと、つまりシンジはエヴァの世界を「舞台劇」だとわかってるということになる。
ゲンドウとシンジではエヴァイマジナリーの見え方が違うから、続く戦闘シーンも2人は観てる世界が違うのかという質問だろうとは思うけど、答えを出しようがない。答えを持ってるのは庵野だけだから。